Dopo l'attentato terroristico che ha distrutto il Cremlino, il governo degli Stati Uniti incarica l'agente Ethan Hunt di incastrare i cattivi e fermare una nuova minaccia nucleare. Hunt e il suo team dovranno però operare secondo il Protocollo fantasma, ossia senza alcuna copertura da parte della loro agenzia. Se qualcosa dovesse andare storto ed Hunt venisse catturato, nessuno potrà salvarlo da un'accusa di terrorismo e alto tradimento.